定义不同。科员：新录用公务员试用期满合格后，大学专科、大学本科、获得双学士学位的大学本科毕业生（含学制为六年以上的大学本科毕业生）、研究生班毕业和未获得硕士学位的研究生按科员职务。办事员：办事员是机关工作人员的一种职别。

级别不同。办事员是机关工作人员的一种职别，在科员之下，升任科员需要3年以上时间。办事员需要负责打印以分会名义发出的重要文件、工作汇报、会长讲话以及其他重要文字材料。

任职条件不同。科员：大学专科毕业生、大学本科毕业生、获得双学士学位的大学本科毕业生（含学制为六年以上的大学本科毕业生）、研究生班毕业和未获得硕士学位的研究生。办事员：直接从各类学校毕业生中录用的、没有工作经历的公务员：高中和中专毕业生。

待遇不同。按照级别大小，科员的待遇肯定是要比办事员好的。