中平六年，公元189年，灵帝去世，董卓任司空，专擅朝政，听说蔡邕的名气，于是征召他，蔡邕推说有病不能去。董卓大怒，骂道：“我有灭人三族的权力，蔡邕就算骄傲，也是不过转足之间的事而已”。又急令州郡征召蔡邕到府。

后蔡邕不得已只好应命，被任命为代理祭酒，很受董卓敬重。又被举为高第，历任侍御史、治书御史、尚书，三天之内，遍历三台。又升任巴郡太守，被留任侍中。