发酵小叶苦丁的危害有：影响正常生理期、加重风寒病情、加重肠道疾病症状。

小叶苦丁茶经发酵后，不仅能为人体提供一定的保健作用，还能调节和改善身体，给人体带来一定的危害。

1、影响正常生理期。发酵小叶苦丁茶属于冷饮。女性大量饮用时，容易造成血液不畅的情况，而且，生理期的女性需要清除体内大量的血瘀，大量喝茶后，会影响经血排出，引起痛经症状，甚至引起月经紊乱。

2、加重风寒病情。风寒感染后，身体处于较冷、较湿、较冷的空气状态，应该多吃些温补的食物以祛寒，如果大量饮用发酵苦丁茶，会加重风寒症状，防止寒湿排出体外，加重风寒状况。

3、加重肠道疾病症状。肠道疾病患者多为脾胃虚证患者，如果肠道有不适，继续喝凉苦丁茶，会导致病情加重。