南开大学环境工程成立于1998年。其前身是我国综合性大学中最早成立的环境科学系专业。著名环境化学家戴树桂先生任首任系主任。国家环境咨询委员会委员朱坦教授任首任院长。现任院长为长江学者特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者周启星教授。学院现有“国家环境保护城市空气颗粒物污染防治重点实验室”、“环境污染过程与基准教育部重点实验室”、“教育部循环经济国家社科基地”、“城市化中生态修复与污染防治天津市重点实验室”、“天津市循环经济与低碳发展人文社科重点研究基地”，环境工程为国家重点学科。