微山湖的形成是由于四亿年前华北地区整体下降为前海和湖沼，特别是七百万年以来，由于地壳强烈运动，形成大面积凹陷，鲁中山西形成涝洼区，为微山湖的诞生创造了条件。

另一个重要原因是，黄河不断决溢的淤积抬高泗水西岸的高地，导致黄河水长期占据此处形成了大面积湿地，现在的微山湖就形成于明代万历年间的黄河决口，可说微山湖是黄河的杰作。