燕京大学是一所教会学校，也是中国13所教会大学中的佼佼者。创办者是大名鼎鼎的传教士，后来的美国驻华大使司徒雷登。

也正是因为教会背景，1952年高等院校院系调整，全国的教会背景学校都被叫停，燕京大学的民族学系、社会学系、语文系、民族语文系、历史系并入中央民族学院，今中央民族大学，法学院并入北京政法学院，今中国政法大学，经济学系并入中央财经学院工科并入清华大学，文、理科并入北京大学，北大迁至原燕京大学校园“燕园”。