1、高铁的建设和运营成本依然是造成其亏损的主要原因之一，运营成本主要可以分为三大块：一个是直接的变动成本，包括电费、人工费、维修维护以及一般的物资消耗等费用；一个是车辆、线路的折旧费；然后是财务费用，即建高铁时的贷款、借债每年需要付的利息，仅这一项就是一个巨大的数目。目前我国高铁运营成本较高，一直没有得到很好地控制，甚至造成浪费。

2、高铁盈利与否与其沿线的人口密度息息相关，长三角区域的高铁普遍盈利能力突出，遵循人口红利的逻辑，相比这些人口密集且经济较发达的地区，很多通往西部地区的高铁运营情况显得非常窘迫。

3、其他运输工具的竞争，近年来随着高铁开通的线路越来越多，速度越来越快，且比飞机更具价格优势，选择高铁出行已经成了越来越多人的共识，但公路、航空业的提升以及高速公路的迅速增长使高铁的竞争力有所下降。有人研究发现，一旦乘坐高铁的时间超过4个小时，无论从时间还是价格上来看，飞机出行仍然是主流的选择。