大明宫的毁灭并不是由于自然和地质环境而造成的，而是人为的故意损毁，从大明宫挖掘的遗迹来看，有明显的火烧痕迹。要证明现场有没有经历过火烧，就要看砖瓦的颜色，如果是被火烧过，残留下的砖瓦就是红色或者黑色的焦痕。大明宫的火烧范围很广，说明这里曾经经历过一场大面积的烧杀。

到了唐朝晚期，由于政治的腐败，宫廷的斗争，使得民不聊生，大唐江山已经摇摇欲坠，就在这时，一支由黄巢带领的农民起义军踏入了长安城，踏进了这个曾经只有君王将相才能进入的皇家禁地——大明宫。随着起义战争的打响，大明宫就变成了硝烟弥漫的战场，这场起义一把大火点燃了大明宫，这就是发现遗址中为什么有火烧的痕迹。虽然这场战争带给大明宫的是一场巨大的劫难，但是研究发现，导致大明宫的消失毁灭并不只是这一场劫难，而是经过多次的浩劫。因为发现大明宫里到处有地砖被撬，石像被搬走的历史遗迹。