上海海事大学实行校院二级管理体制，截止至2016年，设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院、国际教育学院、继续教育学院、科学研究院等12个二级办学部门，47个本科专业。

部分专业有：航海技术、行政管理、轮机工程、船舶电子电气工程、热能与动力工程、能源工程及自动化、交通运输、物流管理、交通工程、航运管理、法学、经济学、国际经济与贸易、金融学、会计学、财务管理、工商管理、电子商务等。

上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色学科，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学，入选国家卓越工程师教育培养计划和上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。学校原为交通运输部直属高校，2000年划归上海市管理，2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。