商标合同风险主要存在以下几点：

1、一个商标两次转让商标转让人与第一个受让人缔结商标转让合同之后，隐瞒上述事实又与第二个受让人缔结商标转让合同，从合同的角度分析，首先第一个商标转让合同成立并生效，而第二个合同则属于可撤销的合同，如果第二个商标受让人知道商标转让人所隐瞒的事实后，并不行使撤销权，则第二个商标转让合同也有效。

2、待转让的商标已经设置了负担有的准备转让的商标已经被商标权利人设置了质押、或者已经被许可给其他人使用(并在商标局备案登记)、或者已经被其他人提出撤销申请等，上述负担会严重影响到商标的顺利转让。

3、待转让的商标已经到期而未续展的商标受让人在受让商标之前，一定要查询确认该商标的使用期限，使用期限在注册证上有注明。

【法律依据】

《商标法实施条例》第四十三条规定：许可他人使用其注册商标的，许可人应当自商标使用许可合同签订之日起3个月内将合同副本报送商标局备案。