支付宝好医保住院医疗和长期医疗的区别为：

1、保费不同：两者的保费都需要根据投保人的年龄决定，以25岁的投保人（购买了社保）为例，支付宝好医保住院医疗的保费为129元/年，长期医疗的保费为149元/年；

2、承保的保险公司不同：支付宝好医保住院医疗的承保公司为众安保险，长期医疗的承保公司为中国人保健康；

3、最高保额和免赔额也不一样：支付宝好医保住院医疗的最高保额为600万，免赔额为每年1万；长期医疗的最高保额为400万，免赔额为每6年累计1万。