南方医科大学学报是核心期刊，《南方医科大学学报》创刊于1981年，曾用名《第一军医大学学报》，是由广东省教育厅主管，南方医科大学主办的综合性医药卫生期刊。

《南方医科大学学报》设有基础研究、临床研究、技术方法、经验交流、病例报告等栏目。据2019年10月《南方医科大学学报》官网显示，《南方医科大学学报》编辑委员会拥有编委94人。