员工认定时医疗费的处理办法是：

《工伤保险条例》第十七条第四款规定，用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。认定工伤后，对已经发生的治疗费用，由用人单位与经办机构结算。继续发生的住院治疗费用由医疗机构与经办机构结算。