1、根组织缺氧。萝卜菜田如大量施用未腐熟或腐熟不好的有机肥，尤其是圈粪，会引起土壤中微生物活动旺盛，氧气消耗过多，从而造成根部窒息，部分组织会因缺氧而发生黑皮或黑心。

2、土壤缺硼。硼肥是作物生长不可缺少的一种微量元素，萝卜缺硼易黑心、空心、烂心，表皮开裂。

3、萝卜感染黑腐病。 萝卜肉质根受浸染后，透过日光可看到暗灰色病变；横切萝卜可看到维管束呈放射线状、黑褐色；重者呈干缩空洞，维管束溢出菌脓。肥水管理不当，植株徒长或早衰，寄主处于感病阶段，害虫猖獗或暴雨频繁时发病重。