《塞尔达传说：时之笛》的故事发生于《塞尔达传说》系列前四个作品之前。海拉尔平原是这个王国的枢纽，接通了海拉尔城和周边的市镇与其他多样的地形。这个世界里住了不同种类的人种：长有尖耳朵的海拉尔人、住在火山洞穴的哥隆族、半鱼人索拉族、居于森林的哥奇利族和强盗谢鲁多族等。

游戏开始于主角林克的恶梦，梦中他看见一个男人骑着马，在雷电交加的晚上追击另一匹马上的萨尔达公主。突然，妖精那比把林克由恶梦之中唤醒，并带他到村落的守护神“大迪库树”面前。大迪库树受到咀咒，奄奄一息，林克进入树的内部杀退敌人、解除了咀咒，但始终阻止不了大迪库树枯萎。

经过另一轮战斗，盖侬道夫已是强弩之末，林克立即举起王者之剑击倒盖侬道夫。七贤者随即把他封印在神圣领域之中，但仍持有力量之圣三角的盖侬道夫大喊会向他们的后代报仇。最后，萨尔达公主用时之笛把林克送返他的童年。游戏以林克和萨尔达公主在城堡的花园中对望作结。