办理港澳通行证的部门是户口所在地的即公安部出入境办理大厅，办理港澳通行证的流程：需要办理人先去照相馆拍照；带齐以下文件前往办证大厅办理，所需文件如下，办理人户口本原件，身份证原件，6张照片，资料采集凭证，带齐证件后就可以去办理了。